La Capilla de estilo Románico data de los siglos XII o XIII, aunque la tradición y Tirso de Avilés le otorgan una antiguedad posterior. Ya es citada cuando Llanes era Puebla de Aguilar en el Libro de Becerro de la Catedral de Oviedo 1377-1389.
Con toda probabilidad fue la antigua iglesia parroquial de Llanes, sustituida cuando aumentó la población a partir de la concesión del Fuero de Llanes el 1 de octubre de 1168 por el rey Alfonso IX. Dice uno de los cantares:"Cuando el rey Alfonso IX Fuero concedió a la Villa, era ya de ella Patrona la sublime arrepentida".
Esta Capilla sufrió varias remodelaciones debidas a los incendios sufridos. El primero de ellos es perpretado por Don Diego fernández de Quiñones en el año 1481, en represalía a la resistencia que oponían las gentes de Llanes a sus ambiciones. El segundo incendio ocurrió durante la invasión francesa por las tropas de Napoleón Bonaparte, al mando de las cuáles estaba en Llanes el General Bonet.
No obstante,la Capilla mantiene su estructura plenamente popular, con nave única rectangular, cabecera recta y cuya puerta abierta a occidente, se abre en forma de arco apuntado.
En 1992, Tino Cué, el artista llanisco de Celorio restauró todo el interior de la iglesia. El estandarte, estropeado por el paso de los años, fue hecho nuevo, y bordado a mano por las monjas de Oviedo. Los hilos de oro del antiguo fueron cuidadosamente extraídos para la restauración del mismo. En escasas fechas volvió a ser restaurado y dorado en pan de oro auténtico por la restauradora llanisca Doña Marina Sanchez.

El culto a Sta MªMagdalena tiene un claro origen medieval ligado a la tercera vía del Camino de Santiago, llamada lemosina o Via Lemovicensis. Procede de La Madeleine de Vézelay, abadía románica de Borgoña, fundada en el año 859 por Girad de Rouisillion, regente de la provenza francesa. Es muy significativa la devoción que profesaban a La Magdalena los caballeros de la Orden del Temple. Así pues, fueron los peregrinos de la ruta jacobea quiénes junto con los monjes benedictinos franceses los que trajeron a Llanes la devoción a La Magdalena.

La tradición marinera del bando de la Magdalena es debida a el viaje que realizó María de Magdalena desde Palestina huyendo de la persecución contra los cristianos. La Magdalena junto con varios cristianos más se embarcó en una pequeña lancha a la que se rompió el timón y arrivaron a las costas de Masilia ( hoy Marsella. Francia), es por ello que siempre le acompañan marineros y niños portadores de remos a los lados de la imagen el día de su procesión el 22 de julio